Cabe às comissões permanentes da Câmara dos Deputados e do Senado Federal exercer o acompanhamento e a fiscalização orçamentária dos planos e programas nacionais, regionais e setoriais apresentados pelo Poder Executivo.

O monitoramento de programas e ações atua como forma de controle, e, nesse sentido, não deve ser entendido como forma de avaliação porque sempre enfoca intervenções em processo de desenvolvimento, antes que cheguem a resultados.

O sistema de informações gerenciais e de planejamento (SIGPLAN), gerenciado pelo Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão (MPOG), destina-se a elaboração, revisão, monitoramento e avaliação de programas e ações do PPA.

Leis de diretrizes orçamentárias têm autorizado transferências de recursos para entidades privadas que não atuam nos setores de saúde ou educação.

Quando um programa gerenciado pelo Ministério da Saúde (MS) inclui pelo menos uma ação sob a responsabilidade de outro ministério ou quando o MS tem pelo menos uma ação em programa gerenciado por outro ministério, esse programa é chamado de intersetorial.

É vedado aos parlamentares apresentar emendas “carimbando” recursos para ações — por exemplo, a ação “estruturação de unidades de atenção especializada em oncologia” —, se a emenda beneficiar alguma unidade de saúde da rede privada.

A programação da saúde, constante dos PLO, é, obrigatoriamente, analisada nas comissões permanentes correlatas da Câmara de Deputados e do Senado Federal e por um relator setorial designado entre membros titulares ou suplentes da CMO.

A Constituição Federal impõe restrições à capacidade de o Poder Legislativo alterar a proposta orçamentária encaminhada pelo Poder Executivo, sendo admitidos acréscimos na programação de despesas apenas se houver cancelamento de valor equivalente.

Os recursos orçamentários da União são os oriundos dos orçamentos fiscal e da seguridade social, e de investimento das estatais; os não orçamentários, embora não estejam expressos nos orçamentos da União, também financiam ações do PPA.

A participação da comunidade é uma das três diretrizes da organização do SUS, junto com a descentralização e o atendimento integral.