O PNS contempla as questões ligadas ao modelo atual de financiamento, bem como as políticas de investimento.

No PNS, se recomenda valorizar, na avaliação dos indicadores ou no acompanhamento das metas, a heterogeneidade de cobertura e de qualidade das informações nas diferentes regiões e estados brasileiros.

A estrutura do PNS compreende ações que lhe dão conseqüência prática relativamente a programas e(ou) projetos específicos, diretrizes ou formulações que indicam as linhas de ação a serem seguidas e um rol de metas a serem alcançadas, para cada diretriz explicitada.

O crescimento com geração de emprego e renda, a promoção e expansão da cidadania e o fortalecimento da democracia não são princípios contemplados no PNS.

Os objetivos, as diretrizes e as metas do PNS compreendem linhas de atenção à saúde, condições de saúde da população, análise do setor de saúde, gestão em saúde e investimento em saúde.

O monitoramento e a avaliação do próprio PNS constituem objetos contemplados no referido documento.

O PNS de 2006 foi inspirado diretamente nas deliberações da 8.ª Conferência Nacional de Saúde.

O PNS foi objeto de discussão e aperfeiçoamento em diferentes colegiados e fóruns internos do Ministério da Saúde, na Comissão Intergestores Tripartite e no Conselho Nacional de Saúde, a partir de uma proposta do plano.

Por meio do Planeja-SUS, são pactuadas as diretrizes gerais para o processo de planejamento no âmbito do sistema de saúde, devendo os respectivos instrumentos ser utilizados pelas três esferas de gestão.

O sistema de planejamento do SUS não deverá levar em conta as diversidades existentes nas três esferas de governo, considerando a diversidade e a complexidade da situação em cada realidade.