A administração dos estabelecimentos matadouros frigoríficos fica obrigada a tomar as medidas mais adequadas, no sentido de serem evitados maus-tratos aos animais, pelos quais é responsável desde o momento do seu desembarque. É proibido, no desembarque ou movimentação de animais, o uso de instrumentos pontiagudos ou de quaisquer outros que possam lesar o couro ou a musculatura.

É proibida a matança em comum de animais que, no ato de inspeção"ante-mortem", sejam suspeitos de determinadas zoonoses. Nos casos comprovados de peste bovina, peripneumonia contagiosa, carbúnculo hemático, gangrena gasosa, ruiva e mormo, os animais são imediatamente sacrificados no "Departamento de Necropsias"; os cadáveres devem ser incinerados ou transformados em aparelhagem apropriada, aplicando-se as medidas de defesa sanitária animal em vigor. Cabe à Inspeção Federal levar a ocorrência ao conhecimento da autoridade regional, esclarecendo a procedência dos animais e a zona percorrida por eles de modo a serem prontamente tomadas medidas sanitárias aconselháveis.

A direção do estabelecimento é obrigada a fornecer diariamente, à Inspeção Federal dados referentes aos animais entrados, detalhando a procedência, espécie, número, meio de condução utilizados e hora de chegada. Para tal fim, existirá um impresso designado "Mapa do Movimento de Animais", onde constará também o estoque existente nos currais, campos de repouso e outros locais.

Matança de emergência é o sacrifício imediato de animais apresentando condições que indiquem essa providência: animais doentes, agonizantes, com fraturas, contusão generalizada, hemorragia, hipo ou hipertemia, decúbito forçado, sintomas nervosos e outros estados, a juízo da Inspeção Federal. São considerados impróprios para consumo os animais sacrificados de emergência.