O processo de digestão e absorção do alimento ingerido é regulado principalmente pela ativação de receptores presentes ao longo do TGI, pela liberação de hormônios peptídeos e pela ativação de nervos e músculos entéricos.

As enzimas digestivas são sintetizadas por células especializadas da boca, do esôfago, do estômago, do intestino delgado e do intestino grosso ao longo do lúmen do TGI.

A porção intestinal que apresenta maior atividade digestiva é o jejuno, com intensa ação de enzimas digestivas como a sacarase e a lipase.

Os peptídeos e aminoácidos absorvidos no TGI são transportados pelo sistema linfático e, então, são metabolizados nos hepatócitos e liberados novamente na circulação sistêmica.

As fibras remanescentes da digestão, como os amidos resistentes e açúcares, são fermentados pela borda em escova do cólon, o que resulta na produção de ácidos graxos de cadeia média e gases como o metano.