Alguns microrganismos indicam as condições higiênico-sanitárias de alimentos, de instalações e até mesmo de manipuladores.

A presença de Escherichia coli exclui indicação de contaminação fecal.

A Shiguella localiza-se no trato gastrointestinal das aves em geral, de mamíferos domésticos e silvestres, bem como de répteis. A transmissão ocorre por um ciclo de infecção entre o homem e os animais, pelas fezes, pela água, pelos alimentos, particularmente os de origem animal, e pelos submetidos à irrigação com água contaminada com matéria fecal.

A presença de coliformes fecais indica processamento inadequado, contaminação por outras fontes, que não a fecal, e presença de bactérias patogênicas como Salmonella, Shiguella etc.

O grupo D de Lancefield, Streptococcus e Enterococcus, quando presente, indica más condições higiênicas, ausência de higienização e contaminação por manipuladores (no caso de presença de Staphylococcus aureus). A presença de Streptococcus salivarius indica contaminação por pelos de animais.