Problemas comumente encontrados em instrumentos de espectrometria de massas do tipo MALDI-TOF, após operação contínua prolongada, incluem redução da sensibilidade, da resolução e da intensidade do sinal de íons. Esses problemas estão frequentemente associados à fonte de ionização. É uma razão comum para a diminuição do desempenho em um instrumento MALDI-TOF MS: