A Reitoria, órgão central e deliberativo da UNICENTRO, que coordena, supervisiona e superintende as atividades universitárias, é exercida pelo Reitor, coadjuvado pelo Vice-Reitor, ambos com Regime de Tempo Integral e Dedicação Exclusiva à Universidade.

No processo eleitoral de escolha do Reitor e do Vice-Reitor da UNICENTRO, os votos do corpo docente, do corpo discente e dos agentes universitários são ponderados numericamente por coeficientes calculados em função do número de componentes de cada grupo da comunidade acadêmica, de modo que os votos do corpo docente tenham peso de 60%, os votos do corpo discente tenham peso de 20% e os votos do corpo de agentes universitários tenha peso de 20%.

As Direções dos Campi Universitários são unidades executivas da administração intermediária que planejam, desenvolvem e coordenam as atividades-meio do respectivo Campus, vinculando-se à administração superior da UNICENTRO.

As competências do Conselho Administrativo de Campus estão previstas em regulamento próprio, aprovado pelo CAD.