Para a criopreservação, são somente utilizados os embriões em estágios de pré-implantação que tenham entre 8 e 16 células, ou mesmo na fase de blastocisto.

A criopreservação de embriões em biotérios vem sendo utilizada unicamente para oferecer segurança à colônia em caso de necessidade de repovoamento de uma linhagem.

Os camundongos isogênicos, embora tenham em torno de 99% de homozigose após 20 gerações de acasalamento entre irmãos, ainda podem apresentar uma heterozigose residual que, associada à pressão de seleção natural, pode determinar regressão da isogenia. Os métodos de controle genético como o monitoramento da variabilidade genética por simulações computadorizadas, marcadores bioquímicos, moleculares, imunológicos ou análises genéticas quantitativas de variáveis fisiológicas, são importantes para o manejo de colônias isogênicas.

Os camundongos specific patogen free devem ser monitorados quanto a sua microbiota residente para se ter certeza de que patógenos indesejáveis não tenham se estabelecido nas colônias. As amostras microbiológicas devem ser colhidas ao acaso nos animais, nos materiais e nos equipamentos e no ambiente.

Os camundongos specific patogen free albergam somente micro-organismos não patogênicos, apresentando uma microbiota conhecida incapaz de lhes produzir doenças.

As veias laterais da cauda de camundongos e ratos servem como locais de coleta de sangue após dilatação por calor e garrote.

Ratos maiores devem ser contidos firmemente, mas de forma gentil, colocando-se a mão fortemente apoiada sobre seu dorso e sua caixa torácica. A cabeça pode ser segurada com o polegar e o indicador, imediatamente atrás da mandíbula.

Quanto ao manejo de colônias, denomina-se colônia de fundação aquela cuja finalidade é autoperpetuar-se, possibilitando sua manutenção. Nela, todos os acasalamentos são monogâmicos permanentes, com animais identificados individualmente e registrados para conferir um perfil único.

O período de gestação das ratas se estende de 19 a 22 dias. A ninhada de ratas Wistar pode ter até 16 filhotes por parto.