O superintendente da SUFRAMA é assistido, no que se refere ao controle interno da legalidade administrativa de seus atos, pela Procuradoria Federal.

Entre suas diversas competências legais, o Conselho de Administração da SUFRAMA tem o poder-dever de, na condição de órgão de assistência direta e imediata ao superintendente da autarquia, emitir parecer não vinculativo acerca dos projetos de empresas que tenham por objetivo o usufruto dos benefícios fiscais previstos no Decreto-Lei n.º 288/1967.

O prefeito do município de Belém é membro nato do Conselho de Administração da SUFRAMA.

O Conselho de Administração da SUFRAMA, o qual é presidido pelo ministro de Estado do Desenvolvimento, Indústria e Comércio Exterior, reúne-se com periodicidade bimestral ou, extraordinariamente, por convocação de seu presidente.

Considere que uma empresa do estado de São Paulo tenha enviado determinada mercadoria à Zona Franca de Manaus com a finalidade de reexportá-la para o estado de Goiás. Nessa situação, serão devidos todos os impostos em vigor para a produção e circulação de mercadorias no país.

Considere que uma empresa de produtos de informática tenha permitido a entrada de determinada mercadoria na Zona Franca de Manaus por ponto diverso daqueles permitidos pelo Decreto n.º 61.244/1967. Nessa situação, prevê-se pena de multa correspondente a cem por cento do valor do produto.

As isenções fiscais previstas no Decreto-Lei n.º 356/1968 não são aplicadas a bens de consumo de origem estrangeira.

Caso o governo federal pretenda alterar os critérios que disciplinam a aprovação de certos projetos na Zona Franca de Manaus, ele poderá modificá-los por decreto federal, desde que haja autorização do Congresso Nacional por meio de resolução.

Conforme previsto na Portaria Interministerial n.º 170/2010, uma empresa sediada no Polo Industrial de Manaus, caso queira fixar ou alterar seu processo produtivo básico, deverá encaminhar carta de solicitação à Secretaria do Desenvolvimento da Produção do MDIC e, depois de uma primeira visita dessa secretaria, deverá encaminhar requerimento à SUFRAMA.

Suponha que o superintendente da SUFRAMA pretenda alienar vários veículos pertencentes à autarquia, os quais se tornaram parcialmente obsoletos. Nessa situação, o superintendente deverá enviar a proposta de alienação ao Conselho de Administração da entidade.