A identificação com o sexo oposto não deve ser meramente um desejo por vantagens culturais percebidas de ser do outro sexo. Por exemplo, um menino que diz querer ser uma menina de modo a receber o mesmo tratamento especial que sua irmã mais jovem recebe, não é provável que tenha disforia de gênero.

A própria incongruência de gênero é considerada um transtorno. Pois, quando a incongruência percebida entre sexo no nascimento e identidade de gênero sentida causa sofrimento ou incapacidade significativa, um diagnóstico de disforia de gênero pode ser apropriado. A dor normalmente é uma combinação de ansiedade, depressão e irritabilidade. Pessoas com disforia de gênero grave, muitas vezes são chamadas transexuais, podem apresentar sintomas graves, perturbadores e de longa duração e têm forte desejo de mudar o corpo por meio médico e/ou cirúrgico para que seus corpos se conformem mais com sua identidade de gênero.

Diagnosticar disforia de gênero somente quando a incongruência entre o sexo de nascimento e a identidade de gênero sentida é acentuada e causa sofrimento significativo e/ou comprometimento funcional substancial.

Embora a maioria dos transexuais tenha sintomas de disforia de gênero ou experimenta uma sensação de ser diferente cedo na infância, alguns não os apresentam até a idade adulta. Transexuais homens para mulheres (mulheres trans) costumam inicialmente usar roupas do sexo oposto e apenas mais tarde aceitar sua identidade transgênero.

Para a maioria das pessoas, há uma congruência entre sexo biológico (nascimento), identidade de gênero e papel do gênero. Todavia, as pessoas com disforia de gênero experimentam algum grau de incongruência entre sexo biológico e a identidade de gênero.