O método de SAGE (serial analysis of gene expression) ou análise serial da expressão gênica permite a determinação e a quantificação em larga escala dos transcritos de uma dada amostra com o conhecimento prévio de quais genes são expressos. Envolve a produção e o seqüenciamento de um grande número de etiquetas curtas (SAGE tags) originadas, idealmente, de uma única porção mais 3` de um DNA.

A construção de mapas genéticos e a detecção de QTL (quantitative trait loci) para a determinação de características economicamente importantes têm sido geradas no gênero Eucalyptus, principalmente com marcadores dominantes como RAPD e RFLP. Entretanto, esses marcadores possuem limitada capacidade de gerar informações, que são quase todas sem utilidade para os estudos de mapeamento comparativo e validação de QTL em mapas não relacionados e pedigrees.

A biotecnologia, em especial a cultura de tecidos, tem auxiliado na propagação vegetativa ou seminífera, a qual tem possibilitado a domesticação de algumas espécies de plantas nativas.

O pré-melhoramento constitui uma importante etapa para o desenvolvimento de uma planta geneticamente modificada por meio da tecnologia do DNA recombinante.

O cálculo da distância genética (ou inversamente, da similaridade genética) tem aplicação imediata no estudo da diversidade genética. Os dados de marcadores moleculares podem ser utilizados para medir distâncias entre pares de acessos, variedades, genitores, clones e linhagens. Há vários índices de distância e sua escolha vai depender somente da natureza do tipo de marcador.

Genotipagem utilizando marcadores microsatélites, como SSR multiplex, permite a caracterização de uma grande quantidade de amostras. Entretanto, essa tecnologia não permite os estudos de estrutura e de diversidade genética contidas nas coleções de germoplasma.

Marcadores moleculares são definidos como modificações instáveis que ocorrem em locais específicos dos cromossomos e em seqüências longas de DNA.

Considere que, na concepção de um experimento para determinar a eficácia de uma vacina contra clostridiose, selecionou-se um lote uniforme de ratos, com mesma idade, que foram divididos aleatoriamente em dois grupos (A e B). Nos animais do grupo A foi injetada vacina, enquanto nos animais do grupo B nada foi injetado. Os ratos dos dois grupos foram alojados em gaiolas individuais e mantidos sob as mesmas condições de alimentação, temperatura e fotoperíodo. Nessa situação, foi cometida pelo menos uma falha grave na concepção do experimento.

Em estudos observacionais, a casualização é um fator imprescindível.

Na pesquisa ex-post-facto, há uma investigação sistemática e empírica em que o pesquisador não tem controle direto sobre as variáveis independentes, porque já ocorreram suas manifestações ou porque estas são intrinsecamente não manipuláveis. Nesse caso, são feitas inferências sobre as relações entre variáveis em observação direta, a partir da variação concomitante entre as variáveis independentes e dependentes.