Segundo a sentença, as disposições da Lei de Anistia, que impedem a investigação das violações aos direitos humanos durante a Guerrilha do Araguaia, são incompatíveis com a Convenção Americana sobre Direitos Humanos, mas há compatibilidade entre o disposto na Convenção e as disposições da lei penal comum, que impedem a sanção a tais violações em razão da prescrição penal, uma vez que a prescrição constitui manifestação do direito humano à segurança jurídica, garantido pela Convenção.

De acordo com a sentença, o Brasil é responsável por violação aos direitos humanos em decorrência da falta de investigação sobre os desaparecimentos forçados ainda não esclarecidos, mas não em razão da impunidade dos responsáveis por esses desaparecimentos, dada a ocorrência da prescrição punitiva nos termos da legislação nacional.

A investigação dos desaparecimentos forçados ainda não esclarecidos deve ser realizada perante a justiça militar da União, nos termos da legislação nacional, já que a prática da conduta contrária às garantias da Convenção Americana sobre Direitos Humanos é imputada a integrantes das Forças Armadas.

A sentença não reconheceu a competência da referida Corte para julgar a violação à Convenção Americana sobre Direitos Humanos apenas no que se refere à execução extrajudicial de pessoa cujos restos mortais foram identificados antes da data em que o Brasil reconheceu a jurisdição contenciosa da Corte.

A Corte considerou que a arguição de descumprimento de preceito fundamental inclui-se entre os recursos internos que devem ser esgotados para o preenchimento da condição de admissibilidade da denúncia.