O Conselho de Administração será integrado por seu presidente e por 8 (oito) Conselheiros efetivos e 8 (oito) suplentes, todos escolhidos dentre pessoas com reconhecida capacidade e, preferencialmente, formação superior.

Competirá ao Conselho de Administração autorizar, por maioria qualificada de 2/3 (dois terços) de seus membros, a aquisição, alienação ou oneração de bens imóveis, bem como a aceitação de doações com ou sem encargo.

O Diretor-Presidente e os demais Diretores da FUNAPE serão indicados pelo Governador do Estado, dentre as pessoas qualificadas para a função, com formação de nível superior e atuação anterior na mesma área ou em outra afim, e submetidos à apreciação do Conselho de Administração.

Será da competência do Conselho Fiscal representar aos órgãos de administração, e, se estes não tomarem as providências necessárias para a proteção dos interesses da FUNAPE, ao Ministério Público Estadual e ao Tribunal de Contas do Estado, os erros, fraudes ou crimes que descobrirem.