Dentre os princípios institucionais do Ministério Público encontram-se os da unidade e o da indivisibilidade. Esses princípios afastam, conforme posicionamento mais recente do Supremo Tribunal Federal, a incidência do denominado princípio do promotor natural.

A secretaria-geral, os centros de apoio operacional, as coordenadorias de recurso, a comissão de concurso, o centro de estudos e aperfeiçoamento funcional, os órgãos de apoio técnico e administrativo, os estagiários e a ouvidoria são órgãos auxiliares do Ministério Público de Santa Catarina.

Compete ao Conselho Superior do Ministério Público de Santa Catarina rever decisão de arquivamento de inquérito policial ou peças de informação determinada pelo Procurador-Geral de Justiça, nos casos de sua atribuição originária, e o arquivamento de inquérito civil ou de peças de informação.

De acordo com a Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina, compete ao Colégio de Procuradores de Justiça deliberar sobre proposta do Procurador-Geral de Justiça que exclua, inclua ou modifique as atribuições das Promotorias de Justiça. Entretanto, compete ao Procurador-Geral de Justiça dirimir os conflitos de atribuição entre os membros do Ministério Público de Santa Catarina.

No concurso de promoção por merecimento, o Conselho Superior do Ministério Público de Santa Catarina não examinará o nome dos demais escritos se houver três ou mais candidatos que tenham completado dois anos de exercício na respectiva entrância e estejam relacionados na primeira quinta parte da lista de antiguidade.

O princípio da independência funcional permite que cada membro do Ministério Público tenha inteira autonomia em sua atuação, ressalvado o dever de, no plano administrativo, acatar as decisões e atos normativos dos órgãos da Administração Superior do Ministério Público.

De acordo com a Lei Orgânica do Ministério Público de Santa Catarina, os afastamentos dos membros do Ministério Público para tratamento de saúde, por motivo de doença em pessoa da família, à gestante, paternidade, adoção, entre outros casos previstos em lei, somente ocorrerão após a expedição do competente ato do Procurador-Geral de Justiça.

No Ministério Público de Santa Catarina a apuração das infrações disciplinares praticadas pelos seus membros será feita mediante sindicância quando cabíveis as penas de advertência e de censura; processo administrativo sumário quando cabíveis as penas de suspensão inferior a quarenta e cinco dias; e, processo administrativo ordinário quando cabíveis as penas de suspensão de quarenta e cinco a noventa dias, de cassação da disponibilidade ou da aposentadoria e de demissão.

A vitaliciedade do membro do Ministério Público permite a perda do cargo em razão de sentença judicial transitada em julgado proferida em ação instaurada para essa finalidade; ação movida pela prática de ato de improbidade administrativa; ou, em decorrência de decisão prolatada em processo disciplinar pelo Conselho Nacional do Ministério Público, assegurada, em todos os casos, a ampla defesa.

Presidido pelo Procurador-Geral da República, o Conselho Nacional do Ministério Público é composto por quatro membros do Ministério Público Federal, três membros do Ministério Público Estadual, dois juízes, indicados um pelo Supremo Tribunal Federal e outro pelo Superior Tribunal de Justiça, dois advogados, indicados pelo Conselho Federal da Ordem dos Advogados do Brasil e dois cidadãos de notável saber jurídico e reputação ilibada, indicados um pela Câmara dos Deputados e outro pelo Senado Federal.